고고학자들에 따르면 미네소타에는 1만년전부터 사람이 살았던 흔적이 있다고 하지만, 가까운 과거에는 인디언들이 살고 있었다. 여시 살던 인디언들은 샌티 수(Santee Soux)족이라고 하며, 수(Soux)족은 미네소타를 중심으로 오대호 연안에서부터 로키산맥까지 주로 북쪽 지대에 걸쳐 살았다.
서부의 황량한 지대에 살던 인디언들은 호전적이고 잔인한 인디언들이 있었으나, 여기에 살던 인디언들은 호수가에 정착하여 원시적이나마 농사를 지으며 정착하여 살던 선량한 인디언들이었다.
최초로 미네소타에 온 백인은 몇 사람의 프랑스 가죽 상인들이며, 이들은 1654년부터 1660년 경에 수퍼리어호 북부 해안을 중심으로 활동하며 인디언들과 가죽 교역을 하였다. 이 때부터의 교역 장소로 사용되었던 trading post가 아직도 남아 있다. 이들 상인들은 영토에 대한 관심은 없고 오직 가죽 수집과 교역에만 열중하였으므로 인디언들과 별다른 싸움없이 평화롭게 살았다. 주로 비버와 수달을 잡아 가죽을 모자로 이용하였는 데, 이 것이 그당시에는 대중에게 아주 인기가 높은 상품이었다고 한다. 지금도 그 당시 사냥꾼들이 다니던 길(trapper's trail)이 남아 있다.
그후, 1679년 프랑스 탐험가 Daniel Greysolon과 Sieur du Luth라고 하는 사람과 그 일행이 수퍼리어호의 남쪽 해안에 정착하였는 데, 여기가 오늘날의 Duluth라고 하는 곳이다. 그는 태평양으로 가는 루트를 탐험하러 여기에 왔었다고 하며, 둘루쓰부터 미시시피강까지 미네소타 일부 지역을 프랑스령으로 포고하였다. (캐나다쪽은 프랑스 사람들이 많이 살고 있다.)
1700년부터는 동쪽에서 백인들에게 땅을 빼았긴 Ojivwa족과 Chippewa족들이 미네소타쪽으로 옮겨와서 살게되었고 이로 인하여 본래의 샌티 수족들은 남서쪽으로 옮겨가야만 하였고, 결국은 이들 인디언 종족간에 상당히 오랜 기간동안 치열한 싸움이 있었다.
1686년에는 미네소타 남쪽의 Lake Peppin에 최초의 프랑스 요새(fort)가 세워졌다.
1754년경에는 영국과 프랑스가 미국 북부지역에 대한 영토문제로 전쟁이 시작되었으며, 이 분쟁은 프랑스를 옹호하는 인디언들의 가세로 영국과 인디언들의 전쟁으로 비화하였다. 그 당시 프랑스는 이미 캐나다및 미국 북부지역 일부 주(미네소타와 오대호 일대 주)를 프랑스령으로 선포한 상태였다. 한편 그 당시 영국은 동부 지역의 뉴 잉글랜드(New England)주에서 부터 남쪽으로 조지아(Georgia)까지의 영역을 차지하고 있었다. 전쟁은 1763년까지 계속되었으며 결국 영국에게 항복하여 미 북부지대 미시시피 동쪽의 모든 땅(캐나다와 오늘 날의 미네소타 포함)을 영국에게 내어주게 되었다.
그리고, 20년후에는 영국에 대한 독립전쟁의 승리로 미국이 독립하게 되었다.
1803년에는 토마스 제퍼슨(Thomas Jefferson) 대통령이 프랑스로부터 미시시피 강 일대의 모든 땅을 15 milion 달러에 사들였는 데, 이 것은 역사상 성사된 최대의 토지 거래로 그 당시 미국의 영토보다 더 넓은 땅을 사들인 것이 었다. 훗날 이 것을 Louisiana Purchase라고 부르게 되었다.
곧이어 1819년에는 미육군(그당시는 기병대?)이 미네소타에 진주하여, 미시시피 강과 미네소타 강이 만나는 지점에 Fort Snelling을 짓기 시작하였다. Fort Snelling은 Twin Cities의 남쪽, 국제 공항 근처에 있다. 그후로는 여기를 중심으로 미네소타가 발전하게 되었다. 군인들의 일부는 농사를 시작하였고, 방아간도 시작하였으며, 그후의 모든 개척자들은 이 곳을 거쳐서 미네소타로 들어오게 되었다. 증기선(steamboat)의 등장으로, 더 많은 사람들이 미시시피강을 거슬로 올 수 있게 되었다. 그 당시에는 오늘날과 같은 길이 없었기에, 육지를 통한 이동은 어려움이 많았었다.
1830년부터는 '광활한 삼림의 땅'이라는 이름으로 미네소타가 알려지면서 더욱더 많은 나뭇꾼들이 정착하였다. 이들의 개간으로 개척된 땅은 농지가 되어 농부들도 많이 오게 되었다. 그들에게 미네소타는 비옥한 땅, 판판한 평야, 수많은 호수로 가뭄 걱정이 없는 꿈의 농지였다. 삼림 개간이 심해지면서 미네소타에서 버팔로가 사라지면서, 버팔로에 의존하여 생활하던 인디언들은 생활이 어려워지고, 결국은 미국의 요구로 그들의 땅을 팔고 서쪽(오늘날의 Dakota주)으로 이동하였다. 이주민이 더욱더 늘어남에 따라, 1851년에는 샌티 수족도 땅을 팔고 이주하도록 강요당하고, 1855년에는 오지브와족도 땅을 팔고 다코다주로 이동하여, 몇 군데의 보호구역 빼고는 인디언 땅이 아주 없어지게 되었다.
이 때부터는 독일, 스웨덴, 노르웨이에서 많은 사람들이 이주하여 왔고, 이들에게 땅을 불하해주는 사무소가 1848년 Saint Croix Fall에 설립되었다.
1849년에는 미 정부에서 미네소타 경계를 정하여 발표하였는 데, 그 당시에는 다코다주까지가 미네소타주의 땅이었다. 1858년에 33번째로 미국의 주(state)로 되었다. 곧이어 링컨이 대통령이 되고, 남북전쟁이 시작하였다. 미네소타주는 전쟁터에서 멀기는 하였지만, 북군으로 전쟁에 자발적으로 참여하였다.
이로 인하여, 미네소타에는 소수의 군인들만이 남아서 진지를 지키고 있었는 데, 전력이 약해진 틈을 타서, 그동안의 불만이 누적되어 왔던, 인디언들이 폭동을 일으켜 싸움이 시작되었다. 그당시 보호 구역 내에 살던 인디언들은 먹을 것도 입을 것도 없는 거의 희망이 없는 상태로 살았고, 백인들이 주기로 했던 땅값도 차일피일 미루며 주지 않자 불만이 더욱 높아져 갔다. (미네소타 주정부에서는 남북전쟁에 돈을 대느라고 재정이 좋지 못했다.) 1862년에는 결국 '작은 까마귀(Little Crow)'라고 부르는 인디언의 지휘로 Minnesota River Valley를 습격하게 되었고, 6주동안 치열하게 싸움을 하였다. 결국 미네소타 주정부에서는 남아있는 모든 인디언들을 다코다 지역으로 추방하였다. '작은 까마귀'는 캐나다로 도망갔었는 데, 나중에 미네소타로 돌아오다가 이주민들에게 처형당하였다. 나중에는 다코다 지역을 별도로 분리하여 다코다주로 만들었다.
1800년에는 미네소타 중북부에서 대규모의 철광석 광산이 발견되어, 광부들이 많이 이주하였으며 미네소타에 많은 부를 가져다 주었다. 지금도 미국내 철광 생산의 3/4이 미네소타산이다.
1900년에 접어들면서는 많던 산림들이 다 없어지고, 비옥하던 토지는 부적절한 농사로 인하여 점차로 황폐화되어 살기가 어려워졌다. 철광석도 고갈되어 갔다. 이 때부터, 사람들이 도시로 집중하여 산업이 시작되었다. 1915년에는 둘루쓰에 U.S. Steel Corporation이 설립되었다. 둘루쓰 북쪽 Silver Bay에는 지금도 철광석 공장이 있다.
1917년에는 1차 세계대전에 미국이 참전을 시작하였고, 이로 인하여 미네소타에서난 곡식과 철강으로 군량미와 무기를 만들게 되어 다시 부흥을 가져왔다.
1930년에는 대공황(Great Depression)으로 많은 은행들이 파산하여 폐쇄되었고, 공장들도 많이 도산하였다.
1941년에 2차 세계대전으로 다시 산업이 부흥하기 시작하였다.
1964년에는 미네소타 출신의 Hubert Humphrey 부통령으로 선출되었다.
1959년에는 St. Lawrence Seaway가 열려서 둘루쓰에서부터 대서양까지의 뱃길이 열렸고, 그후 둘루쓰는 세계 최대의 민물 항구(freshwater port)가 되었다.
이후부터는 농업, 공업을 중심으로 부를 축적하게 되었다.
수천개의 호수가 연결되어 있고, 사람이 살지 않는 자연(wilderness) 그대로의 지역. 미네소타의 북서쪽, 캐나다 국경을 따라 광활한 지역이다. 3억년전 화산 활동에 의해 생성된 지역으로, 그 당시에는 바다였다고 한다. 수억년의 침식 작용과 빙하의 작용으로 수 많은 호수가 생겨나 오늘날과 같은 땅이 되었다. 길이 없으므로, 원주민 인디언들이나 현대의 사람이나 카누가 유일한 교통 수단이다.
최초의 탐험가들은 수십년을 미로같은 호수를 탐험하느라 헤메고 다녔고, 그후는 광산, 나무 베어 팔기, 어로, 덫사냥등을 하였다. 점차로 사람들이 모여 들면서, 1960년부터 자연보호론자들이 문제를 제기하였고, 미국 정부에서 조용히 그 지역을 사들이므로써, 오늘날의 자연 지역이 형성되었다. 아직 개발의 손길이 닿지 않았던 일부 지역은 아직도 최초 상태의 원시 산림이 잘 보존되어 있다.
곰, 사슴, 매, 비버, 늑대, 들오리들, 그리고 물고기들이 많이 살고 있다.
이 지역내에는 상점이(인적도) 전혀 없으므로, 여기에서 야영하려면 캠핑 장비를 완벽하게 꾸려서 준비하여야 한다. 잠자리, 먹을 것, 입을 것, 카누, 야생 동물로 부터의 자기 방어 수단, ... 이 지역은 주 정부에서 엄격하게 보호 관리하여, 모터달린 보트는 가지고 갈 수 없다. 완전히 자기 힘으로 모든 것을 할 수 있어야 한다.